Vanuit hun eigen visie op de mens en de doordachte pedagogische benadering die daaruit voortvloeit, konden de steinerscholen zich niet verzoenen met de eindtermen zoals die door de overheid vanaf het midden van de jaren 1990 geformuleerd werden. In 1996 bepaalde het Arbitragehof dat er op basis van de vrijheid van onderwijs, ingeschreven in de grondwet, een procedure van afwijking moest worden voorzien. Sindsdien hebben de steinerscholen verschillende afwijkingsaanvragen ingediend wat geleid heeft tot door het parlement gelijkwaardig verklaarde eindtermen voor de steinerscholen. Eindtermen dienen bij alle Vlaamse scholen als uitgangspunt voor de ontwikkeling van leerplannen. In het actuele eindtermen-discours nemen de steinerscholen een duidelijk standpunt in. Ze pleiten voor voldoende ruimte voor het eigen pedagogisch project van elke onderwijsverstrekker. Vrijheid van onderwijs mag niet gereduceerd worden tot vrijheid van methode. Gedetailleerd de inhoud of het “wat” vastleggen, en zeggen dat de methode of het “hoe” vrij is, gaat voorbij aan de complexe vervlechting tussen dit “wat” en “hoe”. De mogelijkheid om afwijkingen aan te vragen moet dan ook behouden blijven. Desalniettemin hopen de steinerscholen dat de nieuwe eindtermen zodanig geschreven zullen worden dat er geen afwijkingen nodig zijn. Ze zien m.a.w. graag eindtermen die streven naar inclusie: zodanig opgesteld dat ze het voor álle scholen mogelijk maken om vanuit hun eigen visie en concept hun pedagogisch project te realiseren, zonder afwijking te moeten aanvragen. De criteria waaraan onderwijskwalificaties terecht moeten voldoen, kunnen daartoe in minimale doelstellingen worden verwoord.